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人權觀察組織（HRW）指，印尼伊斯蘭武裝組織對異教徒容忍度日降，暴力事件漸增，批評政府未能妥善保障市民生命。
「巴拿巴基金會」的消息指，HRW於2月28日發表報告《因宗教之名︰印尼宗教少數群體被侵害》，當中提到因宗教而起的暴力突然增加，而政府默許、甚至縱容極端伊斯蘭組織，任憑他們攻擊教會和其他少數群體。
HRW亞洲總監批評，印尼政府自稱民主、尊重人權，但卻遲遲未採取實際行動遏止暴力，保障宗教少數群體。
據《因宗教之名》的記錄，2012年共264宗針對宗教少數群體的暴力攻擊事件，比2010年增加了20%。2005年至今，超過430間教會被迫關門。但司法機關甚少處罰犯事者，倒懲治受害者。
宗教少數群體除了面對日漸增加的暴力攻擊，還要受法規的歧視，例如︰要建立教會，必須徵詢60名穆斯林鄰居的同意。這基本上是不可能的任務，因為穆斯林大多對基督教抱敵意，而且在鄉效地區根本找不到60名鄰居。
HRW表示，宗教少數群體被侵擾時，政府官員常公然發表歧視言論、拒絕發出建立教堂的建築許可證、迫使會眾搬遷，簡直是助紂為虐。
《因宗教之名》指，以往印尼對伊斯蘭恐怖分子的態度截然不同。例如，「伊斯蘭祈禱團」幕後策動了一連串恐怖襲擊，2000年聖誕節對教會發動炸彈襲擊，印尼政府與之搏鬥到底。但現任總統蘇西洛·班邦·尤多約諾（Susilo Bambang Yudhoyono）對眼前的危機「態度軟弱」，只知說「崇高的空話」。
印尼宗教事務部發言人Suryadharma Ali否認《因宗教之名》報告所指，並稱印尼是「宗教和諧的實驗室與楷模」。
（2013年3月4日，李家慧報道）
