立法會通過「校本條例」，反對條例的宗教團體毫不退讓，教會和政府在教育的長年合作關係，正面臨嚴峻的考驗。教會是恐怕校董會變成法團後，教會不再是負責人，新加入校董會的人，不一定認同教會的辦學理念，新舊校董之間會意見相左，教會辦學理想會不受尊重。
教會辦學的理想除了是教育外，也是要宣揚基督信仰，所以教會學校有聖經學科，甚至布道聚會。如果新加入的校董不是信仰基督的，有可能經由「民主程序」使學校的宗教色彩褪色。在過去百年以降，教會學校不只造就千萬學子，也帶領了不少學生信主，孫中山先生就是很好的例子。這方面的成就不容置疑，只是尚嫌不夠。
有話說，兒童是社會明日的主人翁，今天誰能贏取兒童，誰就決定社會將來的氣氛。教會在香港辦學已有百年歷史，除天主教外，現今由基督教會辦的大專、中小學及幼稚園，已有三百五十多間，以這樣的歷史和規模，足以使香港基督教化好幾十年了，但現實告訴我們，基督教文化並非香港的主流文化，香港的基督徒人口多年來仍徘徊在百分之三左右。究竟教會學校出了甚幀絛題？
這個問題需要教會深思和檢討。是否有教育使命卻無文化使命？是否只傳授聖經知識卻不去布道？是否單憑頭腦理性卻忽略聖靈大能？有一位在教會學校長大的弟兄說︰「我決志不是在學校，而是在葛培理布道會。」教會學校的教育成效是有目共睹的，但福音成效怎樣呢？雖然不是交白卷，但從社會的氣氛看，仍是差強人意。
「校本條例」既然通過了，教會學校除了反省之外，也要思想如何因應。與其看「校本條例」是一個阻，不如看為一個機遇，讓教會趁機重新調整布道策略，布道對像要從學生身上，延伸至家長和校友，更積極向他們傳福音，使派來的校董也成為基督徒。若不信主的校董真的阻監學校體制內的福音工作，也不要看為災難，因為福音工作也可以在體制以外進行，可能更有效。若有壓力臨到，學校內的基督徒群體可能會更趨成熟，更有生命力。但願教會懂得借力使力，從這些改變中抓住神給教會的契機，開創新局面。
